Quando nessun visitatore è presente nell'area attiva della sala, un'animazione propone l'affresco di Giotto messo a confronto con la sua elaborazione tridimensionale. Ciò consente di apprezzare la differenza tra l'impostazione spaziale di Giotto, ancora molto empirica ed imperfetta, e la stessa scena come sarebbe stata dipinta più di un secolo più tardi, secondo le regole scientifiche della prospettiva. L'alternanza fra le due scene suggerisce in cosa e dove la costruzione giottesca differisca da quella prospettica corretta.
Non appena il visitatore entra nello spazio attivo della sala la scena de La Conferma della Regola si anima. E' il momento narrativo: Papa Innocenzo III, i vescovi e i prelati al suo seguito appaiono soli nella sala e di lì a poco Francesco e i suoi undici discepoli fanno il loro ingresso, disponendosi nelle rispettive posizioni in cui Giotto li ha raffigurati. Ha inizio un breve dialogo tra Francesco e il Papa: Francesco riassume i cardini ideologici su cui si impernia la Regola da lui proposta e Innocenzo III, sulla scorta di un sogno ammonitore di qualche notte prima, l'approva oralmente esortando Francesco a predicare la penitenza e a diffondere liberamente la parola di Dio. Al termine di questo prologo animato, l'applicazione entra nella terza fase con l'interazione in tempo reale tra il visitatore e la scena tridimensionale. I movimenti dei personaggi e le ambientazioni sonore, anch'esse spazializzate in 3D, contribuiscono a rafforzare ulteriormente la resa espressiva della simulazione e il coinvolgimento emotivo del visitatore.
Uno degli elementi di maggior innovazione del progetto è il paradigma di interazione sviluppato, basato sull'impiego di interfacce naturali: l'interazione all'interno di uno spazio tridimensionale avviene cioè attraverso il movimento naturale del corpo, senza l'ausilio di alcuna delle interfacce tradizionali (mouse, joystick, tastiere, icone, pulsanti, finestre di dialogo, ecc.), e quindi nel modo più naturale e semplice possibile. Resta solo lo spazio sensibile di cui l'utente è parte integrante e, soprattutto, elemento agente. Le tecnologie sono dunque modellate sui bisogni e sulle capacità naturali dell'uomo, nessuna particolare nozione o addestramento sono necessari per comunicare con il sistema, se non quelli che ci vengono dall'esperienza naturale stessa.
